innodb_file_per_tableというオプションはご存知でしょうか。このオプションはMySQL4.1.1から導入され，MySQL 5.6.6とそれ以降ではデフォルトでONになっているオプションです。
第55回 innodb_file_per_tableオプションについて：MySQL道普請便り｜gihyo.jp … 技術評論社 2018
スロークエリをDBに出力する
Mysql5.1からはスロークエリをログファイルではなくDBに保存することができるようになりました。
先にも少し出てきましたが、log_output オプションに TABLE を指定します。
Mysql slow queryの設定と解析方法 - 主夫ときどきプログラマ 2012
