MySQLの代表的なストレージエンジンはMyISAMとInnoDBですが、利用するエンジンによりメモリ（グローバルバッファ）の使い方は異なります（スレッドバッファは共通）。5.5からは、デフォルトのエンジンがInnoDBになったので、基本、InnoDBのことだけ考えておけばいいのですが、システムDBはMyISAMということなので、MyISAMのことも最低限考えておく必要があります。
MySQL最低限のメモリ設定 - Qiita
漢(オトコ)のコンピュータ道: MyISAMからInnoDBへ切り替えるときの注意点
以下の mysql クエリーで、MySQL でテーブル毎に InnoDB/MyISAM のどちらのストレージエンジンであるかを確認できます。
$ mysql -u root -p mysql> use information_schema; mysql> select table_name, engine from tables where table_schema = "DB名";MySQL で InnoDB/MyISAM のどちらのストレージエンジンであるかを確認するクエリ | EasyRamble
手順１：クエリ作成
下記のクエリを実行するとENGINEがMyISAMのテーブルのみ抽出し、
そのテーブルをInnoDBに変更するクエリが出力されます。SELECT CONCAT('ALTER TABLE ',table_name, ' ENGINE=InnoDB;') FROM information_schema.tables WHERE engine='MyISAM' AND table_schema='database_name';手順２：「手順１」で出力されたクエリを全て実行します。
mysql - 個別にテーブル名を指定せず、MyISAMからInnoDBへ変更するためには？ - スタック・オーバーフロー
