FreeBSD mysql が確保しようとするメモリ

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mysqltuner
...
[--] Total buffers: 200.0M global + 1.1M per thread (51 max threads)
[OK] Maximum possible memory usage: 257.4M (12% of installed RAM)

top
...
57248 mysql        23  20    0   689M   446M uwait    0:02   0.00% mysqld

257.4M なのに SIZE 689M (RES 446M)

table_definition_cacheが原因の1つ

table_definition_cache の値が大きくなってしまっているようです。（912とか1400とか）
データベースを一つしか使っていないのであれば今までの400もあれば十分なので以下のように変更します
 show variables like 'table_definition_cache';
 +------------------------+-------+
 | Variable_name          | Value |
 +------------------------+-------+
 | table_definition_cache | 1400  |
 +------------------------+-------+

 vim /etc/my.cnf
 -----------------
 table_definition_cache=400
 -----------------
 service mysqld restart
MySQL5.6でメモリ使用量が肥大化したときの対処 | クロジカ

メモOFF: MySQL5.6がメモリを沢山お召し上がりになる件
 MySQL maximum memory usage - Stack Overflow

5.6.9以降はデフォルト1400、5.5はデフォルト400
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/server-default-changes.html
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html

通常のテーブルキャッシュとは違い、ファイルディスクリプタを使わずにテーブル定義だけをキャッシュするのでスペースもとらず、テーブルが多いほどに有効です。デフォルトは、MySQL5.6.8までは400です。
数値は、400 + (table_open_cache / 2)　が良いとされています。今回はこの値の変更をしてみます。
https://blog.ybbo.net/2015/12/26/change-table_definition_cache-on-mysql/

ver	table_open_cache	table_definition_cache
5.5	400	400
5.6.9以降	2000	1400

https://www.percona.com/blog/mysql-5-5-and-mysql-5-6-default-variable-values-differences/