最後にある参照のリンクにもあるように、performance_schemaは随時ログを書き込みしているため負荷が大きいです。これを停止すれば少々パフォーマンス向上が見込めるようです。
また、今回導入しているのは、MySQL5.6。デフォルトでperformance_schemaは ONになっているんですね。MySQL5.5までは、デフォルトでOFFでした。MySQL5.6にてperformance_schemaを停止したところ、メモリの使用量が圧倒的に減少した | 田舎に住みたいエンジニアの日記
performance_schema
RDS-default=OFF engine-default=不明
ON にするとパフォーマンス情報をスキーマに書き出す。だがパフォーマンスが 5％くらい低下するらしいので運用時は OFF が無難
