パッチを作るためには、diff -upもしくはdiff -uprNコマンドを使いましょう。
つまり、
1つのソースコードに対するパッチを作成するdiff -up [オリジナルソース] [修正後ソース]diff -uprN [オリジナルソースディレクトリ] [修正後ソースディレクトリ]...
u unified形式で出力する p 変更箇所の関数名(C言語)を表示する r サブディレクトリを再帰的に比較する N 比較するファイルが無い場合、同名の空ファイルがあるのと同じ動作をする
FreeBSD ports
パッチの作り方
https://www.freebsd.org/doc/ja_JP.eucJP/books/porters-handbook/slow-patch.html
filesディレクトリにpatchファイルを置けば適用される